Mendeley et permet organitzar les teves referències en carpetes i subcarpetes que s'anomenen col·leccions. Per a crear carpetes clica sobre New Collection i donar-li un nom. Un cop creada una carpeta pots crear subcarpetes clicant amb el botó dret del ratolí sobre el nom de la carpeta principal i escollint l'opció New Subcollection.
Per afegir referències a una carpeta, arrossegar-les des d'una altra carpeta o des de la carpeta All references.
