Zotero et facilita la cerca de referències o documents dintre de la teva pròpia biblioteca de tres maneres diferents:
Situa el cursor al requadre que conté una lupa a la part superior dreta del panell central. Tecleja la cerca i selecciona els camps que et convinguin per recuperar el que necessites:
Utilitza Tot per cercar en tots els camps i etiquetes, així com també dins el text complet dels documents
Des del mateix desplegable de la cerca bàsica, escull l'opció Cerca avançada i estableix els paràmetres necessaris per recuperar allò que t'interessa (col·lecció, camps de cerca, etc.).
Cada referència de la teva biblioteca disposa d'un apartat on s'enumeren les etiquetes (tags) relacionades amb aquest document. Aquestes etiquetes poden provenir directament de la web, catàleg o base de dades d'on has importat la informació bibliogràfica, o bé, les pots crear tu mateix. També pots modificar-les o esborrar-les.
Totes les etiquetes presents a les referències de la teva biblioteca es mostren alfabèticament a la part inferior esquerra de la pantalla. Clica damunt d'una etiqueta per filtrar i veure només els documents que la contenen. Zotero crearà una nova llista d'etiquetes amb les que es troben en aquests resultats. Continua refinant la cerca seleccionant altres etiquetes fins a trobar allò que necessites.
També és possible assignar colors a les etiquetes. Situa't damunt de l'etiqueta, i amb el botó dret del ratolí selecciona Assigna color...
Aquest color apareix davant d'aquelles referències que contenen aquesta etiqueta, de manera que, amb un cop d'ull, les pots identificar.